לצד המהפך הגדול של שנות ה- 40 וה- 50 של המאה שעברה, עם כניסתם המסיבית של דשנים וחומרי הדברה חדשים לשימוש נרחב בחקלאות המודרנית, השכיל ענף זה ברבות השנים להכיר בנזקי הלוואי שהלכו ונוצרו עם השימוש האינטנסיבי בחומרים אלו. הכרה זו הובילה למציאת דרכים חלופיות המשמרות את משאבי התשתית של החקלאות: קרקע, מים, מגוון ואיזון ביולוגי ועוד, מתוך ראיית חשיבותם הסביבתית וכחלק מהמערך הגלובלי הרב-תחומי של הכרה וצורך אולטימטיבי בקיום ארוך טווח של משאבי הטבע וכדור הארץ.
משרד החקלאות ופיתוח הכפר מרכז תחת טיפולו את מגוון המזון שאנו אוכלים, גם מן החי וגם מן הצומח. בשנים האחרונות, עם העלייה בידע ובמודעות, תופס ההיבט האקולוגי מקום נכבד בכל תחומי החקלאות ולאורך כל שרשרת ייצור המזון. מתוך רצון לייצר מזון בטיחותי וידידותי לסביבה, וכחלק מהמגמה לחקלאות משמרת ואקולוגית, שהתוותה שרת החקלאות ופיתוח הכפר אורית נוקד, נערך משרד החקלאות ופיתוח הכפר להקצאת משאבים שכל כולם נועדו לקידום היבטי הסביבה בעולם החקלאות המורכב, ובראייה רב-דורית של חקלאות בת-קיימא. זוהי למעשה מהות האגרו-אקולוגיה.
המערכת האגרואקולוגית מאופיינת כמערכת יצרנית, יציבה, בת-קיימא ושיוויונית (בהיבט החברתי). תחום האגרואקולוגיה בוחן את כל מאפייני המערכת כיחידה אחת, בינתחומית וקשורה. האגרואקולוגיה קושרת בין מדעי הטבע – קרקע, מים, הגנת הצומח, מגוון ביולוגי וכד' לבין מדעי החברה – כלכלה, השפעת ממשקים שונים על הקהילה החקלאית והחברה בכלל, ערכי מורשת ותרבות ועוד.
חקלאות משמרת סביבה ומשאבי טבע הוגדרה לא מכבר כיעד מרכזי במשרד החקלאות ופיתוח הכפר. הייצור החקלאי, צומח וחי, משתמש במשאבי טבע וסביבה כמו קרקע, מים ואוויר ומשיק להם. הנושא הינו בינתחומי וכולל היבטים ביו פיזיים, כלכליים, חברתיים, ארגוניים, הדורשים שיתופם של מספר רב של משרדי ממשלה, רשויות וארגונים העוסקים בהיבטים השונים של התחום. טיפול מיטבי וריכוז הנושא מחייב אינטגרציה נושאית-מרחבית מרובת שכבות. על כן החליטה שרת החקלאות ופיתוח הכפר אורית נוקד, להקים את מחלקת האגרואקולוגיה בשה"מ (שירות ההדרכה והמקצוע) במשרד החקלאות, ליישום עקרונות אקולוגיים בייצור מזון.
שרת החקלאות ופיתוח הכפר, אורית נוקד: "הקמת המחלקה החדשה מסמלת את הכיוון אליו תצעד החקלאות הישראלית בשנים הבאות. מדובר בגישה רב תחומית הבוחנת כיצד ניתן לשלב, באופן מושכל, בין צרכי החקלאות המודרנית והאינטנסיבית לבין משאבי הטבע והחברה. ברוב המקרים מדובר בתהליכים ארוכי טווח, שלהם השפעה כלכלית, חקלאית, סביבתית וחברתית על הציבור".
שינוי דפוסי ההתנהגות של החקלאים הינו תהליך ארוך טווח. אחד התפקידים העיקריים של המחלקה החדשה הוא להדריך את החקלאים בממשקים אגרו-אקולוגיים, המתחשבים בסביבה ובטבע על משאביהם המוגבלים מחד, ומאידך עונים על היבטי הרווחיות הכלכלית, ולמצב את יחסי הגומלין וההשפעות ההדדיות שבין החקלאות לסביבה.
תפקיד נוסף יהיה מעקב אחר מאפייני החקלאות השונים והמשתנים תדיר, ומתן מענה לצרכים ובעיות על פי דרישות שוקי היעד השונים של התוצרת החקלאית, הנמדדת כיום בראש וראשונה באיכותה האקולוגית, ועל פי פרוטוקולי גידול שקופים ועקיבים.
הקמת מחלקת האגרואקולוגיה מצטרפת למהלכים סביבתיים נוספים שנעשו במשרד החקלאות ופיתוח הכפר בשנים האחרונות, כחלק מהמגמה ליצור חקלאות משמרת סביבה בת-קיימא, שתשרת את הדורות הבאים. כדוגמת: שמירה על שטחים פתוחים, תוכנית להפחתת השימוש בחומרי הדברה באמצעות עידוד שימוש באויבים ביולוגיים והדברה משולבת, תמיכה בחקלאות ירוקה, עידוד עיבוד הקרקע בשיטות של חקלאות משמרת קרקע למניעת איבוד קרקע וסחף, שימוש באנרגיה חלופית, הגברת השימוש במי קולחין וקליטת הפסולת העירונית (מים וזבל), טיפול ירוק בגזם מטעים ועוד ועוד.
